|
[+] Show/hide bicluster #110 rows and columns.
bicluster 110
Methanococcus maripaludis S2
33x57
[+] Show/hide bicluster #110 rows (genes).
bicluster 110 genes
Methanococcus maripaludis S2
33
[+] Show/hide bicluster #110 rows (short gene names).
bicluster 110 short names
Methanococcus maripaludis S2
33
short_name
[+] Show/hide bicluster #110 rows (long gene names).
bicluster 110 long names
Methanococcus maripaludis S2
33
long_name
[+] Show/hide bicluster #110 rows (NCBI RefSeq gene IDs).
bicluster 110 NCBI RefSeq IDs
Methanococcus maripaludis S2
52
[+] Show/hide bicluster #110 gene upstream sequences.
bicluster 110 upstream sequences
Methanococcus maripaludis S2
31
upstream
[+] Show/hide bicluster #110 columns (arrays; conditions).
bicluster 110 arrays
Methanococcus maripaludis S2
57
[+] Show/hide bicluster #110 ratios.
bicluster 110 ratios
Methanococcus maripaludis S2
33x57
GENES H_vs_Leu_3000070032B.4 H_vs_Leu_3000070033A.4 H_vs_Leu_3000070033B.4 H_vs_Leu_3000070239A.3 H_vs_Leu_3000070239B.3 H_vs_Leu_3000070259A.2 H_vs_Leu_3000070259B.2 H_vs_Leu_3000070261B.1 H_vs_PO4_3000070035A.4 H_vs_PO4_3000070035B.4 H_vs_PO4_3000070247A.3 H_vs_PO4_3000070248A.3 H_vs_PO4_3000070248B.3 S2_vs_S40_BR1_3000069792A S2_vs_S40_BR1_3000069792B S2_vs_S40_BR1_3000069793A S2_vs_S40_BR1_3000069793B S2_vs_S40_BR2_3000070262B S2_vs_S40_BR2_3000070263A S2_vs_S40_BR3_3000070265A S2_vs_S40_BR3_3000070265B S2_vs_S40_BR3_3000070266A S2_vs_S40_BR3_3000070266B S2_vs_S40_BR4_3000070272B S2_vs_S40_BR4_3000070273A leu_vs_PO4_BR1_3000070030A leu_vs_PO4_BR2_3000070243B leu_vs_PO4_BR3_3000070252A leu_vs_PO4_BR3_3000070252B leu_vs_PO4_BR4_3000070256A leu_vs_PO4_BR4_3000070257A leu_vs_PO4_BR4_3000070257B mma_0334m_0.402 mma_0912m_1.56 rapid_H_vs_slow_H_3000070036B.3 rapid_H_vs_slow_H_3000070038A.2 rapid_H_vs_slow_H_3000070038B.2 rapid_H_vs_slow_H_3000070040A.2 rapid_H_vs_slow_H_3000070040B.2 rapid_H_vs_slow_H_3000070042B.1 rapid_PO4_vs_slow_PO4_3000069786A.2 rapid_PO4_vs_slow_PO4_3000069786B.2 rapid_PO4_vs_slow_PO4_3000069786Blow.2 rapid_PO4_vs_slow_PO4_3000069787Alow.2 rapid_PO4_vs_slow_PO4_3000069787Blow.2 rapid_PO4_vs_slow_PO4_3000069789A.3 rapid_PO4_vs_slow_PO4_3000069789B.3 rapid_PO4_vs_slow_PO4_3000069789Blow.3 rapid_PO4_vs_slow_PO4_3000069790A.3 rapid_PO4_vs_slow_PO4_3000069790B.3 rapid_PO4_vs_slow_PO4_3000069790Blow.3 rapid_PO4_vs_slow_PO4_3000070023Alow.1 rapid_PO4_vs_slow_PO4_3000070023B.1 rapid_PO4_vs_slow_PO4_3000070023Blow.1 rapid_PO4_vs_slow_PO4_3000070024A.1 rapid_PO4_vs_slow_PO4_3000070024Alow.1 rapid_PO4_vs_slow_PO4_3000070024Blow.1
MMP0050 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.127644441181791 1.94477565132896 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
MMP0246 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA -0.085897047939634 -2.51565550266747 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
MMP0461 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA -0.320492368079136 0.72606013380062 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
MMP0503 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.60135263916694 -0.845694830607553 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
MMP0569 -0.432166755583175 0.296713786047028 0.496789468316421 -0.502393348491665 -0.68005685226791 -0.129512331805225 -0.392343177060546 0.511037986029594 0.368339506846655 0.0655831163852223 0.619433803196973 0.422972176589427 0.540288942612476 -0.729648533542311 -0.722898170134388 0.93348496938956 1.04828797837336 -0.276158168798113 -0.826407645613996 -0.303569438087777 0.0558578466475264 -0.796842262790711 -1.55795449252045 1.07968803236584 0.662625936863563 0.910445244877065 1.15465805939878 0.430345812073904 0.430487470125681 -0.016453673486707 0.483381468002398 -1.43707280470095 0.149010291524017 1.68030216739696 0.374672789902426 0.83666293315429 0.955920964376346 -1.20952163550676 -1.32052469602784 -0.9076528066368 -1.87451968312594 -1.92123631200406 -2.76900166650058 2.03868023482597 2.36439172103988 0.909540377197466 0.666847997491581 0.846902333575708 -1.05303183534368 -1.28814272548186 -1.70757432324232 0.386115965858503 0.422616422968505 0.579938902396263 -0.662263004199711 -1.05872801852663 -1.27850571941010
MMP0575 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA -2.07126654405072 0.620424375187261 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
MMP0577 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA -1.87320433558216 -1.10142216613848 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
MMP0639 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA -0.27513781383681 -1.90389588107109 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
MMP0654 1.83231545053254 -0.358541682949062 -0.673725068948833 1.46358670980834 1.53391711610726 -0.288395518633147 -0.376698988974644 -0.288219893989386 -0.839221039303198 -0.807947768101542 2.10853983980966 -0.246479015989087 -0.103507699742084 -0.0372338445156859 -1.13432374101358 0.444466304319417 0.0372338445156860 -1.90814047557106 0.121109641325160 -1.10325619340489 -1.58889799520268 0.169455732286003 -0.553949227364309 1.06677768228162 0.226491936530365 -0.547180546835791 0.482252608339196 -0.34982954713045 -0.303930881794544 0.876438527198524 1.41484695594537 0.645692208533534 -0.34287738049375 0.415482358961645 -0.920751815342414 0.0276430056972207 -0.249228260240793 1.26744320631286 0.874143955053439 1.94598409882776 -0.310203492042816 -0.620345353760591 -0.531102413996215 1.33629206230564 0.829947589960957 1.08795623202076 0.941623381854211 1.17403759522758 -0.108583085262501 -0.174087592168447 -0.140979511591089 1.21576676744382 -1.35935866370956 0.512287358947201 -0.496929647397304 0.186551462826898 -0.476051864119246
MMP0662 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA -1.42700967955743 0.82195038897359 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
MMP0671 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA -0.34201510578323 -1.10455129009211 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
MMP0724 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.694808844088138 0.113773427184310 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
MMP0736 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.303214656278529 -1.05471552130376 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
MMP0779 0.0775821924389791 -0.281994134158362 -0.362941036339482 1.29433316183499 1.63324076388527 0.855301896324558 0.97809857965887 0.81171700735618 -0.377055382624375 -0.63794327283986 0.553902883388411 1.08625845808575 0.94115735394933 -0.582199908074926 -1.49775849099272 -0.421548301971652 0.671165639996686 -1.62432755372810 0.776773889524538 -0.119207874771546 -0.616997066574991 0.155380323632749 0.102301241383827 0.709945098451903 1.17444175100704 0.0940357277730855 2.32703090609536 0.346192225591152 -0.118221619188548 0.506720473321559 -0.113156394326988 -0.122605645638897 -2.09881351130987 0.289012966666217 0.210055221700291 0 0.00507646073967185 -0.489478090552558 -0.71767733288398 -0.608880323582461 -1.97298431540833 -1.41535176201554 NA 4.33164304846341 NA 1.81069108609983 1.28182499734954 NA -0.420899380777267 -0.0201537997983371 NA 0.197967083492291 0.181435999220124 0.246561859863668 -0.142587357349082 -0.403310878576661 -0.458889029892435
MMP0786 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.433463963957061 0.326754412089916 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
MMP0912 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.556607796874281 -2.01470152670616 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
MMP0962 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.532476831458497 0.923164579402623 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
MMP0972 -1.78494243951755 2.14386021762485 2.03411989650059 -1.0860295128913 -1.25461533554321 0.0617342341387213 0.182165624280821 -0.18230009527732 1.48706947248593 1.50629736870361 -0.155184858626897 1.00617318057507 0.95214615982098 -2.20645441444884 -1.43172877531438 0.000235105696386822 -0.595438639803796 0.248200173227014 0.776843245292845 -0.0527603448913642 -0.626286778507515 -0.000235105696386858 -0.745520675224546 -0.728009576409524 2.02477388175917 0.867983073534081 0.630319692182854 1.17179674188950 1.24804387952150 -0.719652698323199 1.29776440781759 0.754122455703474 0.110101799320354 -0.110101799320354 -0.235353437727759 1.21358327680439 1.09975823418151 -0.96548979322459 -1.07412703096361 -0.904535168943557 -1.74655387515042 -1.69475888300018 -1.79315945483314 1.50070040540729 1.53832281566221 0.633610668643257 0.556648201723085 0.84355123125244 -0.994423179984598 -0.802119296208188 -0.79240527196332 0.0358222252305425 -0.343209062884064 0.00880852032236504 -0.109015960810120 -0.234661244622444 -0.388872651223224
MMP1141 0.656128563248259 -0.691632019801436 -0.529625160495393 0.793693461537785 0.827548542506402 0.210676273399012 0.0519431975245145 -0.530081521758577 -0.355438787447783 -0.395960302262162 -0.521472391831263 -0.29029500527393 0.084746636917357 -1.27315321076511 -0.443268781300674 -1.18230813104716 -0.440195520907832 -0.171693067174483 0.349206201401687 1.01391555913819 1.4485173537681 0.171693067174483 1.04900645611651 1.16961765397331 -1.39104185061624 0.165250641037626 0.972486580747692 -0.257270801338015 1.03121718522575 -0.901607318208205 -0.165250641037627 -0.273501700048714 0.48748983705035 -1.81781679319583 0.149567258122705 0.319772326516588 0.292463438188008 -0.821578748685351 -0.910910808644515 -1.02295087967603 -0.442121976179526 -1.03321328934294 -1.61547185503026 2.41099838276380 3.54609494830785 1.04577842000722 1.43546977333529 NA 0.208193063932742 -0.151614044149888 NA 1.80035821354440 1.27551374656383 1.12830634897075 -0.747241925897741 -1.13424686356232 -1.63134173715979
MMP1167 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.559769090817606 0.148641952549943 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
MMP1182 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.203779992036549 -0.860180230411702 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
MMP1329 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.27495804776765 0.684141890983662 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
MMP1406 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA -0.232501330978019 -1.68525314963826 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
MMP1459 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.199791848582911 -2.51208511438149 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
MMP1600 0.547463462483656 0.0298422750042253 -0.962599895624722 1.83479391854302 1.46894477372799 0.568386614304489 0.974112661903095 -1.03371441036729 0.0161500832735715 -0.436584071831979 1.23870114327381 0.407043809696488 -0.0662206702233294 0.203726011288500 -0.433868525010562 1.01798178863859 1.06437292137319 -1.06570011769946 -0.290700266968410 0.797965995899548 -0.129616525105041 -1.14596481485334 -0.981266542918972 -0.301948697864363 1.91188534476441 -0.948160774879023 0.306846221091275 0.180366137353686 0.30924457596667 -0.226813932468948 0.886178150991175 1.14188292921400 0.182981060621307 -2.28372684075932 -0.498939822002345 -0.128372291389006 -0.186875453499894 -0.212614839403178 -0.499603380029196 0.799377760676542 -0.606980078920115 -0.865557446412578 NA 1.57564029542537 NA 0.494000645131983 -0.605379627397416 NA 0.481854570858097 NA NA NA NA NA NA 1.89539238098964 0.586380640149282
MMP1661 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.03601794939790 1.75731446931506 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
RNA_15 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA -0.33831314476344 -0.246796063474882 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
RNA_20 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA -0.458994649734608 -1.04801167465001 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
RNA_28 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA -0.556694358355623 -0.0467577643687632 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
RNA_36 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA -0.453088461968644 -1.16675234956145 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
RNA_42 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA -0.219697782773527 0.631315467740021 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
RNA_45 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.46259821052008 -1.16350942060168 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
RNA_49 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.608540698811089 -0.546797658453629 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
[+] Show/hide bicluster #110 motif PSSM #1. bicluster 110 motif PSSM #1 Methanococcus maripaludis S2 14x4
POSITION A C G T
1 0.076923 0 0.153846 0.769231
2 0.923077 0.076923 0 0
3 0 0.076923 0 0.923077
4 0.153846 0.615385 0.076923 0.153846
5 0.615385 0 0.307692 0.076923
6 0 1 0 0
7 0 1 0 0
8 0.076923 0.076923 0.076923 0.769231
9 0.153846 0.615385 0 0.230769
10 0.307692 0.384615 0.307692 0
11 0.692308 0.076923 0 0.230769
12 0.846154 0.076923 0 0.076923
13 0.692308 0.307692 0 0
14 1 0 0 0 [+] Show/hide bicluster #110 motif PSSM #2. bicluster 110 motif PSSM #2 Methanococcus maripaludis S2 24x4
POSITION A C G T
1 0 0 1 0
2 0 0.333333 0.666667 0
3 0.333333 0 0 0.666667
4 1 0 0 0
5 0 0 1 0
6 0 0.333333 0 0.666667
7 0.666667 0.333333 0 0
8 0.333333 0 0.666667 0
9 0.333333 0 0 0.666667
10 1 0 0 0
11 0 0 1 0
12 0.333333 0 0.333333 0.333333
13 0.333333 0 0.666667 0
14 0 0 1 0
15 1 0 0 0
16 0.666667 0.333333 0 0
17 0 0.666667 0.333333 0
18 0 1 0 0
19 0 0 0.333333 0.666667
20 0 0 1 0
21 0 1 0 0
22 0 0 0.666667 0.333333
23 0 0 1 0
24 0 0.666667 0.333333 0 |