|
[+] Show/hide bicluster #68 rows and columns.
bicluster 68
Methanococcus maripaludis S2
36x64
[+] Show/hide bicluster #68 rows (genes).
bicluster 68 genes
Methanococcus maripaludis S2
36
[+] Show/hide bicluster #68 rows (short gene names).
bicluster 68 short names
Methanococcus maripaludis S2
36
short_name
[+] Show/hide bicluster #68 rows (long gene names).
bicluster 68 long names
Methanococcus maripaludis S2
36
long_name
[+] Show/hide bicluster #68 rows (NCBI RefSeq gene IDs).
bicluster 68 NCBI RefSeq IDs
Methanococcus maripaludis S2
56
[+] Show/hide bicluster #68 gene upstream sequences.
bicluster 68 upstream sequences
Methanococcus maripaludis S2
35
upstream
[+] Show/hide bicluster #68 columns (arrays; conditions).
bicluster 68 arrays
Methanococcus maripaludis S2
64
[+] Show/hide bicluster #68 ratios.
bicluster 68 ratios
Methanococcus maripaludis S2
36x64
GENES H_vs_Leu_3000070033A.4 H_vs_Leu_3000070240B.3 H_vs_Leu_3000070258B.2 H_vs_Leu_3000070259A.2 H_vs_Leu_3000070259B.2 H_vs_Leu_3000070260B.1 H_vs_Leu_3000070261A.1 H_vs_Leu_3000070261B.1 H_vs_PO4_3000070034A.4 H_vs_PO4_3000070247A.3 H_vs_PO4_3000070247B.3 H_vs_PO4_3000070248A.3 H_vs_PO4_3000070248B.3 H_vs_PO4_3000070249B.2 H_vs_PO4_3000070250A.2 H_vs_PO4_3000070250B.2 H_vs_PO4_3000070253B.1 S2_vs_S40_BR1_3000069793A S2_vs_S40_BR1_3000069793B S2_vs_S40_BR2_3000070262A S2_vs_S40_BR2_3000070262B S2_vs_S40_BR2_3000070263A S2_vs_S40_BR2_3000070263B S2_vs_S40_BR3_3000070265B S2_vs_S40_BR3_3000070266A S2_vs_S40_BR3_3000070266B S2_vs_S40_BR4_3000070272B leu_vs_PO4_BR1_3000070030B leu_vs_PO4_BR2_3000070243B leu_vs_PO4_BR2_3000070244A leu_vs_PO4_BR2_3000070244B leu_vs_PO4_BR3_3000070251A leu_vs_PO4_BR3_3000070251B leu_vs_PO4_BR3_3000070252B leu_vs_PO4_BR4_3000070256A leu_vs_PO4_BR4_3000070256B leu_vs_PO4_BR4_3000070257A leu_vs_PO4_BR4_3000070257B mma_0649m_0.885 mma_0849m_1.4 mma_0912m_1.56 rapid_H_vs_slow_H_3000070036A.3 rapid_H_vs_slow_H_3000070036B.3 rapid_H_vs_slow_H_3000070037A.3 rapid_H_vs_slow_H_3000070040A.2 rapid_H_vs_slow_H_3000070040B.2 rapid_H_vs_slow_H_3000070041A.1 rapid_H_vs_slow_H_3000070042A.1 rapid_H_vs_slow_H_3000070042B.1 rapid_PO4_vs_slow_PO4_3000069786A.2 rapid_PO4_vs_slow_PO4_3000069786B.2 rapid_PO4_vs_slow_PO4_3000069786Blow.2 rapid_PO4_vs_slow_PO4_3000069787A.2 rapid_PO4_vs_slow_PO4_3000069787Alow.2 rapid_PO4_vs_slow_PO4_3000069787B.2 rapid_PO4_vs_slow_PO4_3000069787Blow.2 rapid_PO4_vs_slow_PO4_3000069789A.3 rapid_PO4_vs_slow_PO4_3000069789Alow.3 rapid_PO4_vs_slow_PO4_3000069789B.3 rapid_PO4_vs_slow_PO4_3000069790Alow.3 rapid_PO4_vs_slow_PO4_3000069790Blow.3 rapid_PO4_vs_slow_PO4_3000070023Alow.1 rapid_PO4_vs_slow_PO4_3000070023B.1 rapid_PO4_vs_slow_PO4_3000070024A.1
MMP0151 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.440874849179412 0.57019813827204 -0.939076911163438 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
MMP0246 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.0302811222371463 0.050699767410999 -2.51565550266747 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
MMP0302 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA -0.179731063671197 -0.961098265863833 0.644814772436442 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
MMP0303 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.0787972040149421 -0.261024830284574 1.40433589260107 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
MMP0441 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.177224445055490 -0.0821371147166298 -2.33261665436466 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
MMP0447 1.42723742187709 0.0961578070906099 0.0580508283399855 -0.937934098833945 -0.697318971486056 -1.16908545409885 0.958452789955162 0.826626257372949 -0.248585971634897 -0.0999900595047642 0.0931870659023802 -0.486258264884748 -0.55301329190304 0.0204383998270124 -0.992096530303495 -0.751264773770443 0.314055153845665 1.38400814357778 0.969022066998595 -1.51424425375210 -1.50011968584740 0.945602099679781 0.8253745845445 -1.55102618685550 0.159093705650931 0.433915620195649 -1.00604197414692 1.34591021292244 0.225806185778186 0.146156551047748 0.47871356673497 -0.243541821649192 0.490735865350699 -1.06680254057687 1.55023910081757 1.70265911508314 -0.854387870762255 -0.494386197579181 0.257918052956668 -0.124513838713117 -1.00344648404972 1.55599536842448 1.73229924618332 -0.886845386131334 -1.51970726063798 -1.64245548736176 0.59902394905533 -0.249428084656375 -0.123642410798790 -0.86989046492302 -1.42821644526776 -1.19614283247645 0.842124069818118 1.08008921748405 0.812531026363301 1.00708108910920 1.46552717286354 2.09196919582862 -0.266538472846399 0.838782237969638 1.21543676270598 1.25075368075684 -0.868059151120227 -2.01417584430114
MMP0461 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA -0.571339680245174 -1.52989753064191 0.72606013380062 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
MMP0468 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA -1.18263085272203 -1.06271781492624 0.0699198296399158 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
MMP0575 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA -0.452193692734887 -0.0878905038057634 0.620424375187261 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
MMP0592 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.324131016007629 0.0306152275024639 -1.64351376500223 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
MMP0674 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA -0.0169286854450982 -0.126998863319203 0.497001924481788 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
MMP0724 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA -1.28740412792513 0.749363303825356 0.113773427184310 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
MMP0731 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA -0.311539011059754 -0.291672360867693 -0.907266370928548 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
MMP0736 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.355198629246291 -0.141218089355737 -1.05471552130376 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
MMP0843 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.140168508472352 0.0651321931584103 -2.20140098216339 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
MMP0962 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA -0.160782489569944 -0.295342739436297 0.923164579402623 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
MMP1000 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.168289674889071 1.05669916459836 -0.31080258619478 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
MMP1283 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.0368212945477296 -0.368760263540794 1.88452933084287 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
MMP1290 1.11769381275041 -0.536437744815735 0.364618619248292 -1.79524049912320 -0.641777862363087 -1.53038181644728 1.12448800524516 1.11791138260358 -0.0218688879462726 0.341473095644344 1.16933615693106 -0.675245248326514 -0.343120659640765 0.161779361483241 -0.280688934691333 -1.30773994436067 1.77865462987295 0.180026483498691 -0.368480285818868 -1.23234539853493 -0.829041677426205 0.886729816309051 0.668777523825097 0.0172335752734691 -0.585863802645976 -0.166893358778225 -0.780660826370085 0.820650997362485 -0.277335010042476 0.321855639358647 0.167192154641516 -0.70186464028339 -0.442905722250741 0.59686127097512 2.16944857383259 1.82081226273047 -1.25217674679526 -1.55201467871681 -0.124420150361084 -0.192053667993263 -2.47129161125127 -0.722996214143829 -0.504775682912095 0.91075376015839 -0.178967184170982 -0.112398367524108 0.559886709160856 -0.422011150208604 0.232118058072281 -1.69901126791895 -1.01230232845753 -0.837842729840626 1.00836482061953 1.33018368149774 0.599350343606589 1.64687615839547 1.04992408754654 1.78708566522444 0.616581806303918 -0.225292289296487 -0.938164473311946 0.663725189987551 -0.257673438666409 -0.378508409567272
MMP1329 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA -0.0845839393220378 -0.49849975117145 0.684141890983662 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
MMP1331 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.0337165005949596 -0.155455050034244 0.565687954426544 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
MMP1338 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA -0.143431539078479 -0.61687535814164 0.59207205084721 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
MMP1378 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.801229580602378 0.264714063118079 -0.318401051822750 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
MMP1569 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA -0.0338140021140003 -0.370038451705674 1.29550936670757 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
MMP1685 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA -0.377286127135661 -1.49304963109790 1.43588506638038 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
MMP1687 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA -0.164608212743766 -0.619830925021788 1.13565666094666 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
MMP1693 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA -0.245733919151266 0.227215367430964 1.35802712615550 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
MMP1699 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.209235330653573 -1.11267008850887 -0.123231845551439 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
Mma-sR06 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.0250679261641415 -1.38469577965909 -2.29796293745135 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
RNA_1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.772071289149892 -0.224306099416264 -0.0665426738936265 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
RNA_15 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.412952075814354 0.246796063474882 -0.246796063474882 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
RNA_25 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.0298647037615688 -0.198467968035742 -0.0298647037615688 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
RNA_27 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.0706593795331896 -0.67656355903029 0.295591737713843 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
RNA_28 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.0467577643687631 -1.24942611478761 -0.0467577643687632 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
RNA_35 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.0655276617934875 -0.230520176612352 0.634517165851539 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
RNA_8 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.0527581032059952 -0.0527581032059952 -1.02941322876681 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
[+] Show/hide bicluster #68 motif PSSM #1. bicluster 68 motif PSSM #1 Methanococcus maripaludis S2 24x4
POSITION A C G T
1 0 0 0.833333 0.166667
2 0 0 0.666667 0.333333
3 0 0.833333 0.166667 0
4 0 1 0 0
5 0 0 0.333333 0.666667
6 0 0.166667 0.166667 0.666667
7 0.166667 0.166667 0.5 0.166667
8 0.166667 0 0.833333 0
9 0 0.666667 0 0.333333
10 0 0.5 0.166667 0.333333
11 0 0 0.166667 0.833333
12 0.333333 0 0 0.666667
13 0.166667 0.333333 0 0.5
14 0.166667 0 0.5 0.333333
15 0 0.166667 0.666667 0.166667
16 0 0.666667 0.166667 0.166667
17 0 0.333333 0 0.666667
18 0.333333 0.333333 0 0.333333
19 0.166667 0 0.833333 0
20 0.166667 0 0.5 0.333333
21 0 0.166667 0.666667 0.166667
22 0 0.333333 0.166667 0.5
23 0 0.833333 0.166667 0
24 0 0 0.833333 0.166667 [+] Show/hide bicluster #68 motif PSSM #2. bicluster 68 motif PSSM #2 Methanococcus maripaludis S2 11x4
POSITION A C G T
1 0 1 0 0
2 1 0 0 0
3 0 0 1 0
4 0 0.5 0.5 0
5 0 0 1 0
6 0.5 0 0 0.5
7 0 0 1 0
8 0 0 1 0
9 0 0 1 0
10 0 0 1 0
11 0 0.5 0.5 0 |