|
[+] Show/hide bicluster #30 rows and columns.
bicluster 30
Methanococcus maripaludis S2
26x57
[+] Show/hide bicluster #30 rows (genes).
bicluster 30 genes
Methanococcus maripaludis S2
26
[+] Show/hide bicluster #30 rows (short gene names).
bicluster 30 short names
Methanococcus maripaludis S2
26
short_name
[+] Show/hide bicluster #30 rows (long gene names).
bicluster 30 long names
Methanococcus maripaludis S2
26
long_name
[+] Show/hide bicluster #30 rows (NCBI RefSeq gene IDs).
bicluster 30 NCBI RefSeq IDs
Methanococcus maripaludis S2
48
[+] Show/hide bicluster #30 gene upstream sequences.
bicluster 30 upstream sequences
Methanococcus maripaludis S2
25
upstream
[+] Show/hide bicluster #30 columns (arrays; conditions).
bicluster 30 arrays
Methanococcus maripaludis S2
57
[+] Show/hide bicluster #30 ratios.
bicluster 30 ratios
Methanococcus maripaludis S2
26x57
GENES H_vs_Leu_3000070032A.4 H_vs_Leu_3000070033A.4 H_vs_Leu_3000070239A.3 H_vs_Leu_3000070239B.3 H_vs_Leu_3000070240A.3 H_vs_Leu_3000070240B.3 H_vs_Leu_3000070258A.2 H_vs_Leu_3000070259B.2 H_vs_Leu_3000070260A.1 H_vs_Leu_3000070260B.1 H_vs_PO4_3000070035A.4 H_vs_PO4_3000070035B.4 H_vs_PO4_3000070253A.1 H_vs_PO4_3000070253B.1 H_vs_PO4_3000070254A.1 S2_vs_S40_BR1_3000069792A S2_vs_S40_BR1_3000069792B S2_vs_S40_BR1_3000069793B S2_vs_S40_BR2_3000070262A S2_vs_S40_BR2_3000070262B S2_vs_S40_BR2_3000070263A S2_vs_S40_BR2_3000070263B S2_vs_S40_BR3_3000070265B S2_vs_S40_BR3_3000070266A S2_vs_S40_BR4_3000070272A S2_vs_S40_BR4_3000070273B leu_vs_PO4_BR1_3000070030A leu_vs_PO4_BR1_3000070031A leu_vs_PO4_BR1_3000070031B leu_vs_PO4_BR2_3000070243A leu_vs_PO4_BR3_3000070251A leu_vs_PO4_BR3_3000070251B leu_vs_PO4_BR4_3000070256A leu_vs_PO4_BR4_3000070256B mma_0492m_0.598 mma_0849m_1.4 rapid_H_vs_slow_H_3000070036A.3 rapid_H_vs_slow_H_3000070037A.3 rapid_H_vs_slow_H_3000070038A.2 rapid_H_vs_slow_H_3000070040A.2 rapid_H_vs_slow_H_3000070041B.1 rapid_H_vs_slow_H_3000070042A.1 rapid_H_vs_slow_H_3000070042B.1 rapid_PO4_vs_slow_PO4_3000069786A.2 rapid_PO4_vs_slow_PO4_3000069786Blow.2 rapid_PO4_vs_slow_PO4_3000069787Alow.2 rapid_PO4_vs_slow_PO4_3000069787B.2 rapid_PO4_vs_slow_PO4_3000069787Blow.2 rapid_PO4_vs_slow_PO4_3000069789A.3 rapid_PO4_vs_slow_PO4_3000069789Blow.3 rapid_PO4_vs_slow_PO4_3000070023A.1 rapid_PO4_vs_slow_PO4_3000070023Alow.1 rapid_PO4_vs_slow_PO4_3000070023B.1 rapid_PO4_vs_slow_PO4_3000070023Blow.1 rapid_PO4_vs_slow_PO4_3000070024A.1 rapid_PO4_vs_slow_PO4_3000070024Alow.1 rapid_PO4_vs_slow_PO4_3000070024B.1
MMP0008 -0.975318941721123 0.545102052064636 0.972605230464046 0.240060402032314 0.324214101981767 0.723602445918859 0.475656806737298 -0.379992354853380 -0.142549108548156 0 -0.432105201295543 -1.11873651751090 -1.03818830256739 -1.03274651138523 1.28629083608947 1.17596109323007 0.791752208499533 -1.06361914763331 -0.319303476344216 -0.0343861925235272 -0.121164898005056 -0.159910475033005 0.215204667343121 -0.0331658723578111 2.13465030233298 -0.731781626627441 0.112310695081261 -0.834991906968386 -1.22656797417995 -0.233446539376428 -0.379165068640946 -0.112310695081261 -1.47240944856864 -0.959475491248065 0.386071179663712 -0.0590094911741455 -0.851999404775599 -0.562891820764769 -0.590980940348784 0.586869198473796 -0.264295034070517 -0.221730054776682 -0.530757323841507 -1.53875556768463 -1.40886906490707 2.43309725898894 1.19188996343084 3.99833390760183 -0.640778944000688 NA -0.759909325773406 -0.0635382691181374 0.198650121522892 -0.0879751419576242 0.408350118154835 1.05591799152480 0.663827366933452
MMP0140 -0.203182141841662 -0.0957082005531662 -0.532485014930719 -0.610992367563461 0.0665795759711033 0.108313939170104 -0.50905515482652 -0.14066195546166 0.0675493402504807 0.174772251019327 -0.0934320601088882 -0.117412829871950 -0.255983977936327 -0.0785110377907827 -0.306666062725017 -0.313998724147208 -1.05124971240562 0.0838391909417515 1.86521611233676 1.42178167895811 -0.316234780766504 0.359015339066354 0.167183178981309 0.179596925705444 -1.06777973838148 -1.30767867218118 0.000486306900398941 -2.64189039480898 -1.96876361874049 0.675304480440362 -0.607222885157202 0.132774630006942 0.931758478778096 -0.865935160002156 1.34126753495946 -0.00621803874947131 -0.00367233653566552 0.520559648345958 -0.629393904334742 -0.1429217523146 0.762863914125192 -0.639814128684188 -0.235060623807198 2.05855923242368 1.04691233260411 -0.358707840286653 2.46564057664798 NA 0.811614911045464 NA 1.62884931598727 1.33929154937311 0.453984309200664 0.217762736572180 2.51650554363889 2.77941584875739 2.84712487557545
MMP0222 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.0595734428344384 -0.175220617262713 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
MMP0302 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.202898061483284 -0.961098265863833 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
MMP0303 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA -0.017214158415572 -0.261024830284574 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
MMP0315 0.828658347384066 -1.15857470653543 1.13874439297051 1.16415229889017 -0.595756535922137 -0.460087688848847 -0.0969314874212474 1.06594681520184 -0.134645742292358 -0.0828021496879709 -0.243422909285411 -0.0241898016081247 -0.61711347335953 -0.570237869048078 0.516507422821788 1.20247743048128 1.50313906201456 -1.46831745069545 -0.134937436543304 0.0634549912239076 -0.0533476867130787 -0.405437593505781 1.28792714286228 0.132912956393978 -0.311036230928731 -0.913799907045984 -1.39043007520776 1.64100569505500 1.62303595090748 -0.609833510449643 -0.406154595458608 0.110580867040765 -0.110580867040765 0.263560766813766 0.107650511370077 0.268068576894264 0.0881153976766483 -0.271006093557363 -0.571779257656111 0.558184212204613 -0.589397664477873 0.302380493440329 0.094049800234636 2.04182389485166 2.72929203181203 -2.00832215022322 -0.925203154448195 -1.475955868785 -0.868536444569355 NA 0.0893817054157319 0.0241898016081247 -0.234287135579482 -0.712596633069111 0.886409060672883 1.07310588225815 0.767888172992928
MMP0539 -0.243044646367863 0.257654636214481 1.61330904283258 2.16581633555714 -0.794704018889355 -0.596264222226988 0.102783542856025 -1.26104214711224 2.18516954698112 1.83469568182004 -0.970563430164925 -1.13415390931815 0.102266355236150 -0.307726276247304 0.239580094897309 -1.92543805090817 -1.37457989069127 0.629536010178677 -0.52281927891505 -0.548484785182143 0.512862157541106 0.215994832032125 0.874725151765235 -0.403856119077914 -0.986198260622193 1.35584384693850 0.961011123049802 -1.23885886525253 -1.19753571518544 0.0288626211569101 1.12611322592227 0.671707810982486 -1.52525025767457 -1.66341524589696 -0.475151960951639 0.522125856299629 -1.68981074182106 1.48781827472748 -0.569975513277617 0.323016471699913 -1.04226818721298 0.0926847921174421 -0.87502679356092 -0.305342008029368 1.08687959669967 0.967681986155626 0.166090972809042 0.72511711553471 -0.434060221940315 -1.2151740491636 0.0421888678625628 -0.0493185742240279 -0.0421888678625628 -0.0713976267123494 0.620348961796243 0.805076197702397 0.0957079165268459
MMP0612 0.195381145492984 -0.00345712716154383 0.289848010827284 0.723247069574256 -0.109181829654338 -0.124327449110177 0.642048677557815 0.0615270137841571 0.0764276318472823 0.592667756724296 -1.93256113802189 -0.538275207321065 -0.221350161428656 1.36821573421970 0.91750911726865 0.511457240742778 2.91908403785545 0.267074916692892 -1.38732756621399 0.645627198359431 0.911897007315442 -0.170741584549997 -0.693470661358903 -0.0470488046972987 0.0660789218870225 -0.976433416554438 -1.55702096257948 0.850135706857522 0.313371141202247 0.843490197848848 -0.0922744181592693 -0.641341129586193 -0.876325886497817 -0.300090999838475 0.0572247187090899 -0.0825944172839225 -0.120029425150715 -0.129739613924869 0.168805727947058 -1.76809931388721 1.36888069261880 -0.756889198887441 -1.63939424514631 NA NA NA 1.01430534227859 NA NA NA 1.44437625366258 NA 1.67554518342642 NA 0.922568779876945 0.325352865477943 1.37712258381084
MMP0628 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.0742520869693259 -0.337784380828373 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
MMP0639 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA -0.0303220472223173 0.0981177382720965 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
MMP0646 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.121051616486581 -0.0829973210369137 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
MMP0826 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.740758505967507 -0.0378333819925729 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
MMP0903 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.0324265734087007 -0.478721902737059 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
MMP0904 0.870026603218912 -1.5142141286618 1.17377032290929 1.42464116666911 -0.711152125550117 -0.683852124601769 0.0160436510697075 1.15640536916501 0.237793938493532 -0.0193696795732310 -0.740266316085188 -0.780386771462422 0.245477247291263 0.152370559356441 -0.0295857254484893 0.672268682635701 1.22094568970823 -1.84382940856050 0.200685197382088 -0.150128249865935 -0.206165664158631 -0.0223083879572365 -0.918828874293012 0.0459815269283424 -0.263215064600151 0.073502410702918 -0.696618292138418 -0.0267979669315792 0.064906173223261 1.50219568097578 0.0267979669315792 -0.243835778332167 -1.24794693148692 -1.15820692985151 0.162501721024117 -1.74457358932133 -0.274309923762077 0.166274425742918 -0.521148551011652 -0.111714308106306 0.157676204693574 -0.284354401452135 -0.402797388998984 -2.13632741256716 -2.62023078864898 1.45010157651500 1.62393899761709 1.43713320825403 1.02049225584805 0.90100223234891 1.44980594784430 1.06576299241502 1.34538278614549 1.09690878881623 -0.665465675716374 -1.17773284991834 -1.05201330815476
MMP0952 0.589355204267483 -0.85877887964511 0.119027395786941 0.308084023834933 -0.993937878456292 -0.815499155754112 -0.668233276148422 0.312126591438748 1.09936830128254 1.11159583787485 -0.448210328372528 -0.341214296598879 0.54040374468718 0.653278483730245 -0.120909772892257 0.0374720751629807 0.171803910702522 -1.7703995814012 0.995977267249414 1.07529218381274 -0.615059522329744 -0.54940705983842 1.37840018948537 -0.217263205383674 0.347544409081140 -0.996926247512385 -0.668784775333184 0.410162801865984 1.35865745310730 -0.916846606677731 0.822803101680283 0.809478146817072 -1.03055065174837 -0.842866572884573 -0.122183668711114 0.122183668711114 -1.91955696690197 1.38362521380845 -1.30560044671979 0.975736965917924 -1.68029503955363 1.29560533890761 1.2171552206083 0.748550600965073 0.875877832139465 -1.40748664912540 -1.43147815573119 -1.40447077099582 -0.777819706780577 -0.769784685889882 -1.61672285759257 -1.53841196995226 -1.63537848072086 -1.58366659308841 1.05705113907837 1.14783463896865 1.03876292743649
MMP0965 0.922786711056808 0.844400900935087 -0.0096715531423817 -0.24150720595794 0.923718647629485 0.348916843102334 -0.0534682135996055 -0.602261744721069 1.86926220713824 1.49956137073174 -0.534919440375748 -0.741776420059838 2.24470603384559 1.71319744673200 -0.0866353625183505 -0.258344182327629 -0.379074234478946 -0.91540365775561 1.61689724027486 1.06940543623177 -0.0989512732151472 -0.260257223327875 1.93362729541974 -0.679956028955677 0.850305291488553 0.0989512732151472 0.77647769746127 -0.6560616436187 -1.01173797944002 0.84805027309909 1.27403349640520 1.06978257924668 -0.103986352246308 -0.417561875964684 0.1591758871884 0.00257526473879537 -0.332213988355873 1.47264781580835 -0.116774571582771 1.32964912100974 -1.03224433769878 1.86362061375270 1.57226589811161 0.919762422267286 0.836917769793116 0.0561358389962631 -0.986137440886897 -0.779180739213481 -0.62887123668582 -0.753169693280458 -0.791026755879152 0.683628829525112 -2.34534951998046 -0.277273458914667 -0.390552625420206 0.44437787094203 -1.91759066506841
MMP0978 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA -0.548407053364899 -0.679988603600736 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
MMP0979 -1.34394038255818 0.865540685635061 -0.979146514123504 -0.92830384312127 0.0708377074549687 0.138620399261938 -1.05226175413974 0.423298308138035 -1.57137098896015 -1.62937211571209 1.76679328529013 1.90721160022123 -0.97221271792433 -1.02782654480659 0.409416263787087 0.543990441436967 0.444440153908927 -1.10794473628536 1.00448223092998 0.768441989161713 -1.29936526276889 -1.27515694087633 0.859294478131945 -1.59484498502979 0.567588226767205 -0.523833493689742 -0.0938606099142085 0.810890454353592 1.24170868225998 0.765184667933764 0.705257369959232 0.528878599167146 0.0938606099142085 0.157258089432787 -0.253354853381700 0.0163110096779335 0.404342055495812 0.0325063695157391 0.834584622388213 -0.758296412739498 -0.213560335579883 0.0731029389736876 0.117459838726910 0.679859994296602 0.418272336708263 -1.69249218728107 -1.43085221090864 -1.80281385490214 0.88643822351664 1.21258458705767 0.648534910587799 2.20166126047505 -0.0146462650945426 -0.114709415974336 0.481122809126197 NA 0.343067218415439
MMP1068 0.503124601779272 -0.852543818142423 -0.107082498397869 0.0640359211872329 -0.383574095768674 0.118284332503774 1.16738614413600 1.04837135362001 0.0226166159338474 -0.141576610673975 -0.285907519816172 -0.512271743693617 -0.407658966054583 -0.33662547928154 0.39714646896085 0.761846190185497 1.82673164521513 -1.16439403029269 0.901921851537621 0.232590858592610 -0.463752096643366 -0.729362070234513 0.589687440711602 -0.656279763667663 1.11771268482419 -1.35284865702441 -2.16153138525724 -0.820019323777306 -0.0899827499849632 0.109396815426409 -0.285711314628879 0.204177323434584 -0.258134311993625 -0.471031434565924 -0.129606325040288 0.893585876766888 -1.83278543047741 0.98538907566734 -0.305895744528440 0.176141997006568 -1.26883150182588 -0.0330285691504840 0.125243409220239 -0.511215138762749 NA NA 0.623557328569585 NA 0.108567951680701 NA -0.0226166159338474 -0.392573262722956 0.069357285307839 -2.34143199637438 -0.349332211041421 -0.680800555338432 -0.502833384421344
MMP1099 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.158776969932575 -0.2092409681282 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
MMP1228 -0.298796409912604 -0.332323632351400 -0.194874618826091 0.244150597029557 0.342823475369622 -0.460874168341385 0.436205144427335 0.532016946198132 -0.166368949892817 -0.796427400716778 0.916607416280246 0 -0.214383992642383 -0.691741354057025 0.251996489375762 -0.742953886579128 0.059380901736738 0.776159670765513 0.125426035563007 -0.39421454856643 -0.0115981403050787 -0.405447929064865 -0.500322467211699 0.263677198409956 -0.920540066329055 0.551274100306214 0.70368658776885 -0.08649599222855 -1.71444745180253 0.821587136585449 1.10678821879922 -0.446100519576337 0.335066185489335 -1.46692041964312 1.07376940466792 0.0135811600909936 -1.08156967512714 1.07514777360381 -0.392241189754198 0.274271968610743 1.25998548992365 0.99890903733749 1.18628324994805 1.39584558942634 NA -4.12718094762585 -0.566348256371283 NA -1.06064797102470 NA -0.583387050895366 -2.2777730658168 -0.813131712778213 -3.41789013947864 0.930977073953318 0.173784615576224 0.519230873867832
MMP1615 1.80196903081654 -0.157392164050475 0.107022629894782 -0.00247907479101298 -0.931151379178787 -1.28303700550757 -0.94132125458432 -0.932552711228007 1.53753824777792 1.43533319159591 -0.0135849768730587 -0.517227960437095 0.628091564594605 0.434465622614467 0.124192274067525 -1.18225129301946 -1.28835912152387 0.332594030882439 -0.750616412824869 -1.18188431085708 0.708513215343192 0.363777328400859 -0.605741080764088 -0.431728422432436 0.807956554834511 1.03938090711908 0.103556295460795 1.19058075498398 0.797614504463872 -0.103556295460795 0.104568343364507 -0.190416138774855 -1.48075378372280 -1.49350285611212 0.0406792643000516 0.0195713359057902 -0.382229355222054 1.30767989921733 0.0102120973911599 0.71741290397988 -0.7360959499729 0.817079895796715 1.14253722756491 0.357990019042521 0.202310938431184 -0.304763975270848 -0.656644382088851 -1.13767796363861 -0.251546509318397 -0.320712845578503 -2.07247195890307 -0.569027441729536 -3.25090810846841 -0.986892271391622 -0.19380368680245 0.819263603527183 -1.2229464355471
MMP1619 0.441706823640741 0.194731936928656 1.17758203456408 1.03029953405519 -0.618231668987283 0.0492719129147830 0.327540817355643 0.131177823077405 -0.442993229459633 -0.373679933360516 -0.115477706898656 -0.152917476252643 -0.303561405096115 -0.40489760031948 1.03854183019498 -0.238892407365613 1.06673793394321 -0.198555309012627 0.780723393436684 0.912389888777704 -0.335822675032850 -0.204420473843145 1.27241802711404 -0.218989491573652 2.64997849294072 -1.15876168106331 -0.120101760830761 -0.851104332798778 -0.23357431705932 1.11970457003262 1.27561168250575 1.21771733229844 0.129250908891208 0.66066218869464 0.0995707447595484 -0.397699230953338 -1.48396508519095 0.474502755350555 0.722403505107481 -0.245616562684462 0.865389598858975 -1.34741083094618 -0.0553518472643496 -0.561877786120745 1.64859119239136 1.95728164700386 0.655736011921419 1.45249334792596 -1.24565730004897 -3.39641367467271 -0.394257595767470 -0.73888039254179 -0.526180631327237 -1.05783505091190 0.781463381198952 0.223516677659049 0.796709533354813
MMP1620 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA -0.950845774667982 0.157892610651811 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
Mma-sR08 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA -0.0199602392400975 0.558297155791589 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
RNA_14 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.295255957758689 -0.0597908724480017 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
[+] Show/hide bicluster #30 motif PSSM #1. bicluster 30 motif PSSM #1 Methanococcus maripaludis S2 15x4
POSITION A C G T
1 0.086957 0.26087 0.130435 0.521739
2 0 0.173913 0 0.826087
3 0.130435 0.304348 0 0.565217
4 0.956522 0 0 0.043478
5 0.956522 0.043478 0 0
6 0.826087 0.173913 0 0
7 0.347826 0 0 0.652174
8 0 0.173913 0.043478 0.782609
9 0.391304 0.043478 0 0.565217
10 0.26087 0.478261 0 0.26087
11 0.217391 0.73913 0 0.043478
12 0.521739 0 0 0.478261
13 0 0.347826 0.347826 0.304348
14 0.304348 0.304348 0 0.391304
15 0.913043 0 0 0.086957 [+] Show/hide bicluster #30 motif PSSM #2. bicluster 30 motif PSSM #2 Methanococcus maripaludis S2 7x4
POSITION A C G T
1 0 1 0 0
2 0 1 0 0
3 0 0.5 0.5 0
4 0 1 0 0
5 0 1 0 0
6 0 0.5 0.5 0
7 0 1 0 0 |