|
[+] Show/hide bicluster #9 rows and columns.
bicluster 9
Methanococcus maripaludis S2
32x59
[+] Show/hide bicluster #9 rows (genes).
bicluster 9 genes
Methanococcus maripaludis S2
32
[+] Show/hide bicluster #9 rows (short gene names).
bicluster 9 short names
Methanococcus maripaludis S2
32
short_name
[+] Show/hide bicluster #9 rows (long gene names).
bicluster 9 long names
Methanococcus maripaludis S2
32
long_name
[+] Show/hide bicluster #9 rows (NCBI RefSeq gene IDs).
bicluster 9 NCBI RefSeq IDs
Methanococcus maripaludis S2
62
[+] Show/hide bicluster #9 gene upstream sequences.
bicluster 9 upstream sequences
Methanococcus maripaludis S2
32
upstream
[+] Show/hide bicluster #9 columns (arrays; conditions).
bicluster 9 arrays
Methanococcus maripaludis S2
59
[+] Show/hide bicluster #9 ratios.
bicluster 9 ratios
Methanococcus maripaludis S2
32x59
GENES H_vs_Leu_3000070032A.4 H_vs_Leu_3000070033A.4 H_vs_PO4_3000070035B.4 H_vs_PO4_3000070247B.3 H_vs_PO4_3000070249B.2 H_vs_PO4_3000070250A.2 H_vs_PO4_3000070253A.1 H_vs_PO4_3000070253B.1 H_vs_PO4_3000070254A.1 H_vs_PO4_3000070254B.1 S2_vs_S40_BR1_3000069792A S2_vs_S40_BR1_3000069793A S2_vs_S40_BR1_3000069793B S2_vs_S40_BR2_3000070262A S2_vs_S40_BR2_3000070262B S2_vs_S40_BR2_3000070263A S2_vs_S40_BR3_3000070265A S2_vs_S40_BR3_3000070265B S2_vs_S40_BR3_3000070266B S2_vs_S40_BR4_3000070272A S2_vs_S40_BR4_3000070272B S2_vs_S40_BR4_3000070273A S2_vs_S40_BR4_3000070273B leu_vs_PO4_BR1_3000070031A leu_vs_PO4_BR2_3000070243A leu_vs_PO4_BR2_3000070243B leu_vs_PO4_BR2_3000070244A leu_vs_PO4_BR4_3000070256A leu_vs_PO4_BR4_3000070256B leu_vs_PO4_BR4_3000070257B mma_0492m_0.598 mma_0649m_0.885 rapid_H_vs_slow_H_3000070036A.3 rapid_H_vs_slow_H_3000070036B.3 rapid_H_vs_slow_H_3000070037B.3 rapid_H_vs_slow_H_3000070038A.2 rapid_H_vs_slow_H_3000070038B.2 rapid_H_vs_slow_H_3000070040A.2 rapid_H_vs_slow_H_3000070040B.2 rapid_H_vs_slow_H_3000070041A.1 rapid_H_vs_slow_H_3000070042A.1 rapid_PO4_vs_slow_PO4_3000069786B.2 rapid_PO4_vs_slow_PO4_3000069786Blow.2 rapid_PO4_vs_slow_PO4_3000069787A.2 rapid_PO4_vs_slow_PO4_3000069787Alow.2 rapid_PO4_vs_slow_PO4_3000069787B.2 rapid_PO4_vs_slow_PO4_3000069787Blow.2 rapid_PO4_vs_slow_PO4_3000069789A.3 rapid_PO4_vs_slow_PO4_3000069789Alow.3 rapid_PO4_vs_slow_PO4_3000069789B.3 rapid_PO4_vs_slow_PO4_3000069789Blow.3 rapid_PO4_vs_slow_PO4_3000069790A.3 rapid_PO4_vs_slow_PO4_3000069790Alow.3 rapid_PO4_vs_slow_PO4_3000070023A.1 rapid_PO4_vs_slow_PO4_3000070023B.1 rapid_PO4_vs_slow_PO4_3000070024A.1 rapid_PO4_vs_slow_PO4_3000070024Alow.1 rapid_PO4_vs_slow_PO4_3000070024B.1 rapid_PO4_vs_slow_PO4_3000070024Blow.1
MMP0001 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA -0.0530087559709306 -0.187080494796001 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
MMP0151 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA -0.440874849179412 0.440874849179412 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
MMP0184 -0.997842253692604 1.45354627461289 -0.268968388861248 0.308948776094495 -1.17308704411339 -0.257188744355577 -0.362059710703325 -0.0583948890426477 -0.85897317263499 -0.951503180887574 0.529731728695242 0.555512060442333 0.701436265721788 -1.05174349596682 -1.43691129786699 -0.953889402234326 -0.754175125153517 -0.449183684476745 -1.06580534017345 0.449183684476745 1.03695754504895 1.69663638245477 0.972672294752998 -0.61113766198239 0.444550315657342 0.337619506799318 -0.630910121380895 0.127507676287212 0.569252091833425 -0.127507676287212 1.45314673444052 0.0273826365376370 1.27963940741405 1.49436847263119 -2.51607683662479 1.04048503218133 1.00428765373567 -0.482303713484477 -0.59212715653093 0.0666554268982174 -0.115031923351567 0.124503128507774 -1.16424041896632 -0.241015572067064 0.415523343224573 0.114375052193116 1.32724971378172 0.115180412478678 2.41612019625637 0.411361875913318 NA 1.26229613858905 1.59083480585953 -1.30742235530463 -0.491028147541515 -1.23927088799227 0.729635758767552 -0.692723327117825 1.22677915426739
MMP0214 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.0746725842362585 0.0270235620516787 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
MMP0215 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.100966704430968 -0.0785462667334915 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
MMP0222 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.0595734428344384 0.0513203924461514 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
MMP0236 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.285026808486043 0.0833532797482724 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
MMP0247 1.44741484860187 -1.15949996727091 0.362865500208824 0.106617536628233 -0.878095652570262 0.649176707925652 -0.576133633789419 -0.422563553321215 -1.28702682155984 -1.32934695371921 -0.578210455970658 0.755604835473264 0.700768329297553 -1.49079815132660 -1.46887323702257 0.578210455970658 -1.74763054617123 -1.49213035498581 0.938376798256474 -0.607171366006175 -0.639180356290268 0.83670628972384 0.733426720674774 1.07705328498167 -0.137142214611042 -0.266583524389436 0.126442036031485 0.0210986779248644 -0.261589058455637 0.378117802840689 -0.0802543283068258 0.080624163921143 -1.50391620434904 -1.46062363223673 1.58280659377421 -1.21568865750817 -1.37089478249294 1.86465340230531 1.94473358464273 -1.53874964662586 1.62557557989204 1.28674844414049 1.45957771567617 -1.40439761109089 -0.876320976839356 -0.695811415592936 -0.656470106517514 -0.183933682660223 -0.376605387513725 -0.0875347566589198 -0.273675131372875 0.302179627081520 0.201010981704714 -0.891999364771537 -0.748866301172728 0.952212056291171 0.810579757350084 1.09134333330697 0.928824278243233
MMP0248 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA -0.0131311935273528 0.0131311935273528 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
MMP0389 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.099815955105101 0.112816267138657 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
MMP0400 1.42156154813213 0.413983031384318 0.0875156586787318 0.577973118125521 0.21060519908374 0.700669201551398 0.868831596449319 0.155474714287359 -0.234941875453192 -0.0520172330016329 0.571368319562958 -1.38735634684422 -1.66176480181473 -1.43628049062018 -1.99629933798339 0.466875835376619 0.0205525772360158 -0.914193419144186 0.533908332656204 -0.700374378514537 -0.683523568606822 0.893009213579073 0.63293033851855 0.864528592420202 -1.96294019990323 -1.10564610677220 -0.105737762558019 0.744635789421926 0.268875867297619 0.105737762558019 -0.0976799925367222 0.0976799925367223 1.48015248055245 1.18947037013182 -1.19039289336708 0.839163870304946 0.0186901787357323 0.0724500170081002 -0.325185833982865 0.10267973403893 -0.439792008956875 -1.17152451151322 -0.930059857614304 -0.668429256219026 -0.484736488914764 -1.74175761990069 -1.66544401971538 -0.746380027327077 -0.96849700551906 -1.02267509177811 NA -0.0295008557907457 -0.42291396766691 0.127092169205607 -1.03077008452449 -0.110078596666490 -0.418475650095262 -0.744292011504288 -0.720983520559413
MMP0562 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.0649030916081757 -0.0649030916081758 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
MMP0592 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.414435663573622 0.324131016007629 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
MMP0630 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.0832160208838317 0.00184798133155074 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
MMP0912 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.263402418513118 0.145584242710954 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
MMP1073 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.106943898347587 0.266713253256962 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
MMP1099 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.158776969932575 -0.479531065780863 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
MMP1182 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.357791933212686 -0.0430426385819774 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
MMP1311 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.262718022692832 0.230690986012588 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
MMP1338 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.268260597686136 -0.143431539078479 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
MMP1374 2.45515104928004 1.12595330903890 -0.665103088319584 -0.0107567108895052 -0.544404504351132 -1.19866462336360 -0.66018383710855 -0.427060497149653 0.912712045146633 0.431873060702139 1.09450387198077 0.599888293192377 0.908058776354862 -1.54611953923611 -1.41981873336997 -0.402729843259923 -1.28386217468321 -0.770806126298002 -0.0925117921680789 -0.301409106220042 1.18504711275547 1.27266153518328 1.22259132400308 0.973015537265444 0.0473575771171588 -0.0473575771171588 -0.833124381224036 -0.205521322577582 -0.662002937251089 0.416913760995886 0.0678031999171743 0.127929552971200 1.20496181884454 1.02760526383741 0.306210555724201 0.610712135107204 0.331157915324339 0.164142133905558 0.625488366080929 -0.393006286219885 0.68094117253434 -0.541618368657839 0.680708764972289 -0.269340224797067 0.259920650805192 0.481546173504444 1.17993795546078 -0.237666310057942 0.527168781630391 0.310177226038703 1.54169308372484 0.160605456034747 0.437804316248682 -3.04035443440571 -2.4859598584357 -1.50082867312992 1.66605982381691 -0.884339256258407 1.35001086545607
MMP1400 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA -0.0903135433071066 0.175828233906176 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
MMP1401 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA -0.0617686616289165 0.0617686616289164 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
MMP1402 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA -0.142677831164713 0.142677831164713 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
MMP1428 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.0634899355882742 0.0509873021185833 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
MMP1435 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.243854379695661 0.189177543234731 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
MMP1465 0.676096106214774 1.26238163009311 0.710940485740253 -0.208619948060536 -0.84746367969271 2.41205108300542 -0.0379460866302949 -0.611817992462574 2.30367250361937 2.33442751047727 -0.902949344055705 -0.501251088107327 -1.04448950851374 0.630506291388096 0.0262876607862361 0.959803657394172 -0.109651068072596 -0.858088018183568 1.59352647006775 -0.0262876607862361 0.63052032397047 1.01912961812278 -0.226044308458998 1.74067834355864 0.181419738183337 -0.0579609713609923 0.0579609713609923 -0.339547540392883 -0.357648376246214 0.673501167949662 0.0281915516864005 0.121082452975913 1.87502929599127 1.69269231318571 -1.46177948165168 1.12938828964616 1.05715372270310 -0.611068497054415 -0.731614573477503 1.46644013091098 -0.0461573522634252 -0.295764366594280 0.630048149295122 -0.143913157653205 0.295659180700628 -1.26642680205327 -0.744598620893098 -0.134565950724497 -0.106428356845477 -1.13578120020678 NA -0.461316488455464 -0.568440622082439 0.899220163456348 -0.195899721488209 0.0298263417300807 -0.366492726520815 -0.746356245538495 -0.632952666915967
MMP1469 -2.28694761671294 1.77825444301932 1.60356599596874 -0.0150074795809467 -0.900321492012102 0.635892105150916 -0.553587592812861 -0.573686042490251 0.777566032506923 0.808514856065385 0.208703869241845 -1.54571045415082 -1.33088564853891 1.48206935544084 1.42428090814322 -1.71417182298304 0.69035415419229 0.167751976557479 -0.994877069588106 -0.0517187359241518 0.219171923849272 0.0517187359241517 -0.0992767167305274 -1.26951403064414 1.34447170919727 1.17180673155453 -0.618576562275459 -0.452698364106087 -0.256920979989076 0.339997191104444 -0.0154655358957008 0.180635234004822 0.308293220244757 0.377124919775144 -0.328764511243193 0.372990442078776 0.394593827914942 -0.685509462646706 -0.691237463635503 0.0150074795809467 -0.0260365990390200 1.47163713895432 1.34142061433975 -1.45508521845065 -1.65461921231174 -1.55459716717181 -1.84843021236880 0.267365214719090 0.285501603986068 0.089052295918404 0.154069429542804 -0.388698697185866 -0.469122065843253 -0.70192237267823 -0.831541110146049 0.533680825239673 0.473799425319564 0.470451842047679 0.531304926987971
MMP1586 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.706202842208511 0.574201603176936 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
MMP1620 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA -0.950845774667982 2.12603586880321 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
MMP1708 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA -0.00244791637898660 0.350903491370388 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
RNA_43 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA -0.0882556561752391 0.0882556561752391 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
[+] Show/hide bicluster #9 motif PSSM #1. bicluster 9 motif PSSM #1 Methanococcus maripaludis S2 11x4
POSITION A C G T
1 0.538462 0.307692 0 0.153846
2 0.846154 0.076923 0.076923 0
3 0.153846 0 0 0.846154
4 0.307692 0.230769 0 0.461538
5 0.230769 0.538462 0.153846 0.076923
6 0.076923 0 0.076923 0.846154
7 0 0 1 0
8 0 0 1 0
9 0 0 0.076923 0.923077
10 0 0 1 0
11 1 0 0 0 [+] Show/hide bicluster #9 motif PSSM #2. bicluster 9 motif PSSM #2 Methanococcus maripaludis S2 11x4
POSITION A C G T
1 1 0 0 0
2 0 0 0.125 0.875
3 0 0.625 0 0.375
4 0.125 0.75 0.125 0
5 0 0.875 0.125 0
6 0.25 0.5 0 0.25
7 0 1 0 0
8 0 1 0 0
9 0.25 0.125 0.375 0.25
10 0 0.25 0.75 0
11 1 0 0 0 |