|
[+] Show/hide bicluster #98 rows and columns.
bicluster 98
Methanococcus maripaludis S2
28x57
[+] Show/hide bicluster #98 rows (genes).
bicluster 98 genes
Methanococcus maripaludis S2
28
[+] Show/hide bicluster #98 rows (short gene names).
bicluster 98 short names
Methanococcus maripaludis S2
28
short_name
[+] Show/hide bicluster #98 rows (long gene names).
bicluster 98 long names
Methanococcus maripaludis S2
28
long_name
[+] Show/hide bicluster #98 rows (NCBI RefSeq gene IDs).
bicluster 98 NCBI RefSeq IDs
Methanococcus maripaludis S2
46
[+] Show/hide bicluster #98 gene upstream sequences.
bicluster 98 upstream sequences
Methanococcus maripaludis S2
26
upstream
[+] Show/hide bicluster #98 columns (arrays; conditions).
bicluster 98 arrays
Methanococcus maripaludis S2
57
[+] Show/hide bicluster #98 ratios.
bicluster 98 ratios
Methanococcus maripaludis S2
28x57
GENES H_vs_Leu_3000070032A.4 H_vs_Leu_3000070260B.1 H_vs_PO4_3000070034A.4 H_vs_PO4_3000070034B.4 H_vs_PO4_3000070035B.4 H_vs_PO4_3000070247B.3 H_vs_PO4_3000070248B.3 H_vs_PO4_3000070249B.2 H_vs_PO4_3000070250A.2 H_vs_PO4_3000070250B.2 S2_vs_S40_BR1_3000069792A S2_vs_S40_BR2_3000070262A S2_vs_S40_BR2_3000070262B S2_vs_S40_BR2_3000070263B S2_vs_S40_BR3_3000070265B S2_vs_S40_BR4_3000070272A S2_vs_S40_BR4_3000070272B S2_vs_S40_BR4_3000070273A S2_vs_S40_BR4_3000070273B leu_vs_PO4_BR1_3000070030A leu_vs_PO4_BR1_3000070030B leu_vs_PO4_BR1_3000070031A leu_vs_PO4_BR1_3000070031B leu_vs_PO4_BR2_3000070243A leu_vs_PO4_BR2_3000070243B leu_vs_PO4_BR2_3000070244B leu_vs_PO4_BR3_3000070251A mma_0334m_0.402 mma_0649m_0.885 mma_0783m_1.23 mma_0849m_1.4 mma_1444m_1.58 rapid_H_vs_slow_H_3000070037B.3 rapid_H_vs_slow_H_3000070042B.1 rapid_PO4_vs_slow_PO4_3000069786A.2 rapid_PO4_vs_slow_PO4_3000069786Alow.2 rapid_PO4_vs_slow_PO4_3000069786B.2 rapid_PO4_vs_slow_PO4_3000069787A.2 rapid_PO4_vs_slow_PO4_3000069787Alow.2 rapid_PO4_vs_slow_PO4_3000069787B.2 rapid_PO4_vs_slow_PO4_3000069787Blow.2 rapid_PO4_vs_slow_PO4_3000069789A.3 rapid_PO4_vs_slow_PO4_3000069789Alow.3 rapid_PO4_vs_slow_PO4_3000069789B.3 rapid_PO4_vs_slow_PO4_3000069789Blow.3 rapid_PO4_vs_slow_PO4_3000069790A.3 rapid_PO4_vs_slow_PO4_3000069790Alow.3 rapid_PO4_vs_slow_PO4_3000069790B.3 rapid_PO4_vs_slow_PO4_3000069790Blow.3 rapid_PO4_vs_slow_PO4_3000070023A.1 rapid_PO4_vs_slow_PO4_3000070023Alow.1 rapid_PO4_vs_slow_PO4_3000070023B.1 rapid_PO4_vs_slow_PO4_3000070023Blow.1 rapid_PO4_vs_slow_PO4_3000070024A.1 rapid_PO4_vs_slow_PO4_3000070024Alow.1 rapid_PO4_vs_slow_PO4_3000070024B.1 rapid_PO4_vs_slow_PO4_3000070024Blow.1
MMP0004 1.30910333398238 0.126999067138336 0.09946581799028 -0.300417698163247 -0.779974357669908 1.69728882605789 -1.3200262987517 0.169075668472966 -2.15888656045623 -0.54320841223543 1.63514564021940 -0.549187404427237 -0.60787684685128 -0.00930539768085963 -0.459669664808259 1.07682440595387 0.8691142469717 0.344881610336457 0.00930539768085946 -0.622314867743482 -0.369188759279765 1.73149850619938 1.74185903659553 -0.710762001356607 -1.28931723600946 1.33321054603575 -0.942847110983746 -0.050568892357098 0.159113024202521 0.0344395141602042 -0.0842266254312282 -0.0344395141602042 0.307199698191029 0.372787437890003 0.0131622364257381 -0.129902413007970 -0.165510074246274 0.695181370101139 0.734102244279129 1.46390519950529 0.496324452425996 -0.116978488448390 0.34706824248205 -0.241639145017595 -0.315824079863375 0.817477100048262 1.65861773180329 0.505698464464988 0.777199672513806 -1.53429585470407 0.467942206423031 -0.634888861843871 1.14335822495790 -0.441715472019333 1.34369089306124 -0.119928553828238 1.83116571828657
MMP0019 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.205394423803016 0.144378564183564 0.0120920786220623 0.387672895187178 -1.85649725812716 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
MMP0051 0.840557338104257 0.0393355466609988 0.922794989620674 0.411016611898903 0.761593136177978 0.147757071877831 -0.200998544621430 -0.00248442506548535 -0.0797523506434493 -0.091192246973287 1.01682062835863 -0.481568961147452 -0.243033105660216 -1.49378073182157 -0.632058418803745 0.209788941521347 0.615072155269156 2.23394148154667 1.37561532682266 -0.253755485067825 0.156356534651229 1.66306255151346 1.65300120291225 0.265289749932547 -0.156356534651229 0.623356876270632 -0.797951006257231 0.0477923509718859 -0.00174757404189728 0.115947738605879 0.116023720085961 -2.44850319565822 0.321892867004177 1.54357054135532 0.659866071957729 0.866143025227178 0.915836976005667 -0.97017322152508 -1.43766467078746 -0.966888524016619 -2.38042849465808 -0.0310974531647153 0.425369214058955 -0.485071651148616 -0.896305385285916 0.273490093023997 0.536535890718884 0.384513862062942 0.760543318164029 -1.73120377135751 -0.685881448351858 -1.71409525807354 -0.827174222949594 -1.48444363393846 -0.662669655866731 0.733449379821477 1.96435156024113
MMP0101 0.818202146855557 -0.483549971803594 0.273710934666099 0.332077597027743 -0.423322266963369 -0.627522364336438 1.61963633063854 -0.597173144497463 2.12570972976407 1.88464360257902 0.799634628847526 0.641548916855284 0.783138245434174 -0.677165353852823 -0.178375323281565 0.950086207495836 0.258643457207499 -1.03984971007272 -0.758115876811347 -1.11576723191517 -1.20448583704062 -0.153479526261187 -0.338041305967372 -1.77953998740432 -1.75387565684106 1.30173386382458 0.972705931888328 0.344377826229890 0.379660014892519 -0.00134459560452086 0.00134459560452092 -1.68101342477202 -0.718984764523263 1.07056217998639 0.439431887583007 0.566196070977101 0.288625798435914 -0.333616958700801 -0.148755200466085 -0.435931747121913 -0.0307714662878560 -0.289845907101659 -0.457434743580362 -0.772772331616945 -0.874161357332404 0.435655427809259 0.37398922549954 -0.175000920385813 -0.295364383352277 -1.11074574936373 -1.27086892696521 -1.62356731681961 -1.54245664520485 0.963127636939486 0.697642263218943 0.650843503980807 0.353066907752810
MMP0167 0.152848026777376 -1.17503336023571 -1.13936895592898 -1.48212951636849 1.50734313690531 -0.0144356933939678 0.76927962952095 -1.01664139736532 0.880139935721135 1.04858587230575 1.50379887441558 1.08230421349681 1.03536813919562 -0.756605274776897 0.859498366722374 0.638544507187688 0.740428176702106 -0.674415678622349 -0.638544507187688 -0.905354841745717 -1.30177101277901 1.04467047812404 1.01503149565612 -0.165925849046966 -0.390222324398746 0.165925849046966 -0.799982356360337 1.33860876680509 0.0212962191873611 -0.432205642285443 -0.500223414026039 1.72539415312689 -1.13729701440023 -0.407205186231485 0.9892984820549 1.14931952450862 1.03398618328295 -0.529857247666271 -0.385195165814241 -0.844746463851295 -0.737702134380964 -1.14760764381440 -0.968878258254125 -1.3829024803171 -1.14636349823848 0.95881839322727 1.26733818887859 1.04486166246626 1.22150190250604 -1.81070531341491 0.666039063843096 -2.45495856785624 0.0144356933939678 -0.724892747605057 0.155443377885810 -2.07036071914361 -0.547438960039395
MMP0172 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.943413228110056 0.211915040341572 -0.798862925429563 -0.211915040341572 1.03594383587687 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
MMP0215 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.0785462667334915 -0.0785462667334915 -0.235040921861875 -0.575457900901888 2.23912911284694 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
MMP0259 2.02939209758082 1.45359785032374 0.567154360104666 0.505321348913776 -0.309236077792227 -0.267545053346402 0.436600820459461 -0.0326927241392231 0.001686403279113 0.0738015673596437 0.731977166102483 -0.326651761680026 -0.459321858991115 -1.72164442198547 -1.06308035664586 0.992650924180693 1.17799449560336 0.999025478495602 0.501033219744754 -1.39418353118583 -1.39255066691062 1.16253512289631 1.12744497530065 -0.97365950853432 -1.02659502004263 1.02362280406121 -0.294804105469286 -0.427880670387866 0.032365650835833 0.0992621807167254 0.104630142318766 -2.75843307517297 0.152147544904036 0.831572003683309 NA 0.388755258175366 NA NA -0.188070384370195 -0.212463728342998 -0.439152129228161 -0.135507230096934 -0.148051838966391 -0.160419847581136 -0.142385618971114 0.101108166190624 -0.0483713829059463 -0.119832530006558 -0.294617390841167 -0.228713352383614 -0.335159982349454 -0.581974318826107 -0.368213784996578 0.996656917897274 0.754781199207687 0.910957760752987 0.67385283200823
MMP0292 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.229438158193093 -0.133377289626178 -0.144213053000647 -0.435622037683675 2.4566745322474 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
MMP0463.2 -0.125083134761664 -0.843158468767382 -1.35118071076343 0.493451197453904 1.44669561135481 0.284497549670500 1.28886209518421 -0.351907300219391 -0.642553742900132 -0.396377944720251 0.146990605429626 0.316709841122946 -0.596875813366587 -0.427096706002201 0.99234111176627 -1.12078948887217 -0.466006856985198 -1.65003839949379 -1.58030927133314 -0.805712512566233 0.242071450157672 0.181115144142718 -0.0258267453629523 0.0258267453629523 -0.884382346321016 1.49630084988109 -0.610070020949095 NA NA NA NA NA 0.0195660102760132 0.78702162044221 NA NA NA NA NA -1.03835351398063 NA NA NA -0.446019226471033 NA 0.333898129797301 0.67827706755794 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
MMP0646 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.180769780506844 0.216401143287431 0.0829973210369138 -0.0829973210369137 -2.17099517997931 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
MMP0771 0.00113156214298935 1.85454402857686 -1.79775104842538 -1.40705252282995 -0.625572567365506 0.739144359199328 0.69640889660585 0.131369358531410 0.490348989405535 0.543999483037325 1.07964429587138 1.06290313769355 1.42897697770151 -0.00409273750289206 1.51465872368413 1.10342057637037 0.477745649931509 -0.683920262010344 -1.46735202993309 -1.04706991788812 -0.784394370238966 0.419781541947531 0.166438195563947 -0.321331999829199 -0.269507726179748 0.759974882017516 -0.280039214527851 -0.622545991630008 -0.310605505473728 -0.180074060957548 0.965932689419732 2.47045591865566 1.26723574651619 -0.55261806164222 NA NA NA -0.182674982104780 NA 0.472999133203236 NA NA NA NA NA NA NA NA NA -0.248660321383139 NA 0.843525187900169 NA NA NA 1.08273249898122 NA
MMP1311 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA -0.563242396955577 0.230690986012588 -0.230690986012588 -0.565650444826272 -1.34465393099613 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
MMP1390 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.740212755864604 -0.333494703246155 -1.21063672469842 -1.32279502789450 1.45437274015823 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
MMP1413 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA -0.458620858590919 0.162095414597353 0.184031587564675 0.232239553568155 -2.6292180773386 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
MMP1435 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.0280928292460233 0.189177543234731 0.0196865350726610 -0.0196865350726610 -1.60100387235074 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
MMP1523 0.807120438720417 1.12277275859695 0.254023435751908 0.247524915788676 -0.0231239516427761 -1.31112942482544 -0.302573989782773 0.169076037851212 -0.118002875436084 -0.267884346021324 -0.384968582586989 0.918279568862126 0.987862179477464 0.218775445547355 0.844591468972736 -0.367635713032361 -0.153075550632005 -2.25884442170381 -1.45241656940172 -0.467529946400923 -0.449640116108759 1.44486903037888 1.54558110860176 -0.434245268463800 -0.613122756799153 0.970767232838432 -0.453481168154904 0.0288556244637933 0.181111478252161 0.074006189801258 -0.0288556244637933 -2.54336868803223 1.78122608218641 0.604077895907806 1.06471538313528 0.857803252638901 0.98949550401062 -0.714226463439086 -0.79754657212104 -0.436382796011778 -0.831705307041342 -0.118600357842672 -0.374573362181168 -0.276427821149868 -0.52431132328725 0.555246657259325 0.313948873212256 1.11095813108796 1.09219209279139 -0.763043021017459 -1.70554172565908 -0.82411850470772 -1.37223819529842 1.56313287776693 0.675585337786947 0.991645991682314 0.65346456353015
MMP1576 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA -0.0755400878091677 -0.104791366704956 -0.133636603417293 -0.180363937888800 2.18106370924909 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
MMP1602 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 2.31184942801299 0.125724516490433 -0.349065295351254 -0.604327463580963 1.17041462795210 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
MMP1652 0.274720579849754 -1.78183316276135 -1.07713898895619 -1.12870605354448 0.813963987299942 0.0984837199468606 0.0244198217155190 -0.837550199819388 0.797658402188272 0.747120279844757 0.98510970071992 1.21133079535677 1.23080211240615 -0.773731846471743 -0.383504440767701 1.26976868089798 1.47215389367477 -1.30753301523909 -1.44222522977905 -0.771760332302802 -0.83334853145449 0.853228162816701 0.902667863494630 0.39417429333162 0.385803332231592 -0.332086662730835 0.157374102840487 -0.651595235524606 0.198194156808431 0.493106397267481 0.658701053915264 -2.13334536519754 -0.997298385780448 0.771934382243075 0.745543309850433 0.895964993973612 0.824709680822793 -0.91388862518994 -0.918762764172374 -0.822437231354236 -0.867161825690996 -0.989314889129307 -1.06371670533090 -0.78790806564486 -0.903567667070925 0.733722155598433 0.803886469289753 0.790944456643314 0.863366616586167 -1.30899384113305 -1.21469140136707 -1.23315371081502 -1.30462385174212 1.12196739382634 1.19656486820401 1.16052632305737 1.19037684174674
MMP1688 1.97787432254624 1.37795543860399 1.45846946099364 1.14950916035212 -0.947014724661547 1.16951714061554 -1.37918371736553 0.83897226851497 -1.1294658386041 -0.727958866264228 2.22172651161788 -0.207818758857397 0.0190758833713506 -0.524875592555018 -0.617754247706675 0.300219609063628 0.532866051987373 -0.0190758833713507 0.122681975274002 -1.20236025002108 -0.573884251651865 1.32261223215965 1.00136569766621 -0.274723409436762 -0.136295501457087 0.663243666982963 0.228006520070453 -0.678961975617284 0.362393463999183 0.0549013922246777 -0.806474886590729 1.53369695698616 1.1644119838823 0.823093433788309 1.21324826359215 1.32307054549305 1.05269490828749 -0.619254589163899 -0.605253153681902 -0.395465155147115 -0.406093530026242 -0.54278214543409 -0.930994779267274 -0.314471085600271 -0.738884361280847 0.00548397552359076 0.0245421113440425 0.39616763622662 0.372197691745617 -0.169611706954413 0.0225503988541830 0.0155985864841753 -0.315117401108327 0.171226543714813 0.135608039305652 0.509263336045375 -0.00548397552359078
MMP1706 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA -0.366285180940763 -0.122622639703514 -0.187356630847414 0.122622639703514 0.598789418081081 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
MMP1708 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA -0.842402527812138 0.350903491370388 0.00244791637898660 0.386025769851500 -2.12276922516906 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
MMP1721 -1.03125332187784 0.449880374389865 -0.567087944494478 -0.732947146075958 1.14910271221398 0.0342636242506091 1.96825375849921 -0.199493739555209 0.673567665583886 -0.247002172421894 -0.0697892480865593 0.98162619746161 0.0448265840824365 -0.0448265840824365 -0.245874155686694 0.982837353461316 1.51794903835020 -0.858829168758288 -1.60506145097486 0.793355692466431 0.756875059023485 -1.31883573741293 -1.40431031148895 0.420990498923121 0.0555567428318924 -1.21862184962725 0.985180005508908 -0.0295627581859811 0.0295627581859811 -0.180099434738279 -0.276826704943288 2.62862191537015 -0.207886796125819 -0.818023650653904 0.325949499996894 0.452108406790799 -0.607837625240688 0.755232234560355 0.814468660311864 -0.550215933100665 0.0513898362243263 0.444182664667722 0.171790117554679 -0.274178617650656 -0.589748713902539 0.0176756430438947 -0.0176756430438947 -0.587601505450563 -0.857971911581842 -0.893891130669857 -1.21978088022506 -1.73374494334002 -1.10673107540783 0.557988816129886 0.17742257393529 -0.319789856516895 -0.386665859829719
Mma-sR08 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA -0.169704143750196 0.112265818173207 0.0199602392400975 0.558297155791589 -1.53912815237461 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
RNA_14 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.0597908724480017 0.263696239518094 -0.171112847335725 -0.0597908724480017 -2.042998635481 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
RNA_35 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.405260608061652 0.0655276617934875 -0.0655276617934875 -0.230520176612352 -1.51652310393137 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
RNA_43 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA -0.277462419382471 0.0882556561752391 0.144494276198578 0.142155640514439 -1.80826652005734 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
[+] Show/hide bicluster #98 motif PSSM #1. bicluster 98 motif PSSM #1 Methanococcus maripaludis S2 14x4
POSITION A C G T
1 0 0 0 1
2 0.6 0 0 0.4
3 0 0 0 1
4 0 0.6 0 0.4
5 0 0.2 0.2 0.6
6 0 0 1 0
7 0 0 1 0
8 0.4 0 0.6 0
9 0 0 1 0
10 0 0 1 0
11 0.2 0 0.8 0
12 0.6 0.4 0 0
13 0.2 0.2 0 0.6
14 1 0 0 0 [+] Show/hide bicluster #98 motif PSSM #2. bicluster 98 motif PSSM #2 Methanococcus maripaludis S2 21x4
POSITION A C G T
1 0 0 0 1
2 0.75 0 0.25 0
3 0.75 0 0.25 0
4 0 0.75 0.25 0
5 0.25 0.75 0 0
6 0.75 0 0.25 0
7 0 0 0.5 0.5
8 1 0 0 0
9 0.75 0 0 0.25
10 0 0 0 1
11 0 0 1 0
12 0 0.5 0.5 0
13 0.5 0 0 0.5
14 0 0 0.5 0.5
15 0 0.5 0.5 0
16 0 0.75 0 0.25
17 0 0 0.25 0.75
18 0 0 1 0
19 0.25 0 0.5 0.25
20 0.5 0.25 0 0.25
21 0 0 1 0 |